士別河川防災ステーションは、防災・復旧活動の拠点として利用される施設です。洪水などの災害が起こったときに、被害を最小限に抑えるよう、必要な資材などが保管されているほか、炊き出し室や救護室も設けられているため、万が一の際は地域に暮らすみなさんの避難場所ともなります。
また緊急の災害時以外は、館内の施設を地域のみなさんが利用できるようになっています。サッカー場など河川敷を利用される方々にシャワーなどを提供するほか、コミュニティスペースとして、会議室やホールを利用することもできます。また常設展示として、天塩川流域の全容を見ることのできる大型ジオラマや天塩川の魚類の紹介コーナーも設けられています。